Sembrerebbe come se il sensore, al buio, non si accorgesse del pallino che passa.....................
Quindi, per logica, anche se ti metti in una stanza al buio dovrebbe accadere la stessa cosa.....................
Una spiegazione potrebbe essere, ma prendila con il beneficio del dubbio, che i due sensori che rilevano il passaggio del pallino non siano correttamente allineati.
Finchè la cosa avviene in piena luce, quella piccola massa del pallino che ci passa in mezzo è sufficiente per "chiudere" il circuito e par partire il flash ma, al buio, il pallino non viene "visto" dai due sensori.

Fai una cosa: con il tracer "scoperto" spingi un pallino nel canale fino al punto in cui viene rilevato dai sensori. Una volta visto dove sono i sensori, cerca di capire se si "vedono" l'uno con l'altro.